Lo stemma del Comune di Graffignana è stato riconosciuto con Regio Decreto 6 ottobre 1927 e dal 28 novembre 1927 è iscritto al Registro Araldico dell'Archivio Centrale dello Stato.

Lo scudo riprende due momenti importanti della storia di Graffignana. Primo, la scritta centrale GRA-CAR identifica la Gratiarum Carthusiæ, Certosa delle Grazie, ovvero la Ducalis ac Regalis Ticinensis Carthusia, nota a noi come Certosa di Pavia. L'erigendo nuovo monastero pavese, nel 1396, ricevette in dono da Gian Galeazzo Visconti, duca di Milano, diverse grandi proprietà, tra le quali una vasta possessione che si estendeva nelle campagne di Graffignana e Vimagano. Il dominio certosino durò fino al 1782, cioè fino a quando per volontà dell'imperatore austriaco Giuseppe II, l'ordine monastico venne soppresso e tutti i beni vennero incamerati dal governo austriaco.

Nel 1785 i fondi di Graffignana e Vimagano, “in via di contratto misto di compera e di livello”, vennero ceduti da Giuseppe II al generale principe Lodovico Belgiojoso, suo plenipotenziario nei Paesi Bassi, in benemerenza dei suoi servigi. L’influenza del casato Belgiojoso sul territorio graffignanino si è conclusa con Don Emilio (Milano 5/4/1855 - San Colombano al Lambro 21/4/1944), 7° Principe del S.R.I. e Belgioioso, Conte e Signore di Belgioioso, Conte del S.R.I, Marchese di Grumello, Signore di Lardara, Confienza e Cignola, Consignore del Vicariato di Belgioioso, Signore di San Colombano al Lambro e Graffignana, Consignore di Albuzzano, Marzano, Vigalfo, Barona, Spirago, Signore di Boscone Tosca e Cassina d¹Este e Grande di Spagna di prima classe 1882/1944, Patrizio Milanese. Sposò a Firenze il 6/5/1886 Donna Madeleine Desmanet de Biesme, figlia del Visconte Federico e di Elisabeth Bernardaky (Bruxelles 13/12/1863 - San Colombano al Lambro 6/9/1951). Questo ramo dinastico si è estinto per mancanza di eredi.

La scacchiera d'argento e di rosso appartengono al blasone araldico della famiglia Belgiojoso.