Incerto è il periodo di edificazione. Uno dei primi documenti che ci testimoniano la sua presenza è del 1261, anno in cui tutte le chiese, fra cui quella di Graffignana, dovettero pagare al Papa una "taglia" ecclesiastica. All'origine la chiesa presentava solo la navata centrale. Ai lati dell'altare maggiore due cappelle davano l'aspetto di una croce latina ( come risulta da un documento del 1680)

1840-45: Per iniziativa del Parroco, don Bartolomeo Carniti, si costruirono le due navate laterali sull'ampiezza delle due cappelle, trasportando gli altari di queste con fronte verso la chiesa e collocando l'organo, fatto ex novo, sul retro della facciata. Quest'ultima fu sistemata ad un solo spiovente per i singoli lati con semplice intonaco.

1910 circa: Essendo parroco don Francesco Perotti, si costruì a fianco della navata destra una cappella in onore della Madonna di Lourdes aprendovi come accesso due vaste arcate.

1941: Dopo aver raccolto, attraverso una sottoscrizione pubblica indetta tre anni prima, la metà della cifra prevista si iniziarono i lavori per il prolungamento della chiesa. Durante i lavori, la sovraintendenza ai monumenti di Milano, non approvando il progetto fatto su stile di imitazione e non rispondente ai criteri d'arte, prescrisse delle modifiche che portarono alla costruzione attuale con richiamo al gotico interno nelle linea fondamentale ed al moderno nell'insieme,

con rosone vuoto al centro ed un'ampio finestrone nella parte centrale della facciata per dare luce a tutta la chiesa.

 I lavori, che avrebbero dovuto terminare entro l'anno, a causa della guerra e della difficoltà di reperimento e trasporto del materiale di marmo e di cotto antico, proseguirono nell'anno seguente. Il prolungamento fu di 5 metri per tutta l'ampiezza della chiesa (15 metri) e si creò quindi un nuovo spazio aumentando più di un quarto l'ampiezza precedente. Fu realizzata una nuova pavimentazione in sostituzione di quella precedente in mattoni e furono posti nelle lunette sopra le porte laterali e nei due rosoni ciechi della facciata quattro mosaici opera del pittore Filiberto Sbardella di Milano.

1944: Sistemazione delle cappelle ad opera di don Mario Morosini. Rese di uguali dimensioni e dalla cappella del Madonna di Lourdes rimpicciolita fu ricavato un ripostiglio e in essa fu collocato l'organo tolto dalla facciata della chiesa. La balaustra fu tagliata così da poter essere utilizzata in entrambe le cappelle. Fu infine eliminata una scaletta che portava ad una stanzetta superiore di accesso all'organo.

1945: Fu eseguita la decorazione del coro e dell'Arco Trionfale del Presbiterio e furono applicati alle colonne i capitelli in gesso.

1946: Decorazione della navata centrale e delle navate laterali oltre che decorazione in fogli di oro zecchino dei capitelli delle colonne e degli altari laterali (oro offerto dalla popolazione).